Consegui resolver, era um problema mais matematico do que sobre as formulas em si. A formula ficou assim Preço de Venda = (Preço Pago*(Margem+1) + Frete) / (1 - Taxas)

Postado por: @cuky

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O maior problema foi a taxa, já que ela não pode ser simplesmente adicionada, já que se vc adiciona 10% em 100 depois tira 10% dos 110 vc fica com 99, e isso em numeros maiores torna essa diferença ainda maior.

Esse comparativo dos 10% não faz sentido pois está aplicando 10% sobre valores diferentes, então obviamente os resultados são diferentes.

Considerando: $custo = ($compra + $frete + $outras despesas)

situação1 - margem sobre o custo ~~~> $venda = $custo x (1+ %margem)

situação2 - margem sobre a venda ~~~> $venda = $custo / (1-%margem/100)

Exemplo: $custo = 100 e margem de %10:

situação1 - $venda = 100 x (1+0,1) ~~~> $venda = 110

situação2 - $venda = 100 / (1-,01) ~~~> $venda = 111